Concluída por volta do ano 395, esta última parte da obra revela um autor mais consciente dos conteúdos teológicos. Se o livro precedente havia provado que todas as naturezas eram boas em virtude de sua origem divina e que por isso o mal era apenas um movimento defectivo do querer, restava ainda conhecer sua causa. Por que essa faculdade, que foi criada boa, se desvia do fim pretendido? Insatisfeito com a circularidade da resposta, o discípulo muda o foco (antecipando a neurociência) e questiona a própria autonomia da vontade: se a Razão divina é presciente dos eventos futuros, como não sustentar o determinismo em detrimento da liberdade? A despeito das dificuldades, insiste-se na tese de que o querer não é necessário, nem o mal natural: Deus é bom e sua obra é perfeita no conjunto, apesar das naturezas defectivas, porque um ser corrompido é melhor que o não ser. Portanto é o desejo desmedido a raiz de todos os males; e se a humanidade já não consegue mais fazer o que quer, isso se deve à herança do primeiro casal: ignorância do bem e dificuldade em praticá-lo. E para responder à eterna pergunta: “Se foi Adão que pecou, que culpa temos nós?”, investigam-se as hipóteses para a procedência das almas e a transmissão do pecado original, assim como os motivos do sofrimento de crianças e animais, questões que têm desafiado a fé do crentes mais piedosos. Este volume contém o texto e a tradução da terceira parte da obra seguidos de notas e respectivos comentários.