A uniformizar das coligações eleitorais, a chamada verticalização, pela qual os partidos com candidatos em eleições presidenciais passaram a ser obrigados a reproduzir alianças nacionais no plano dos estados, imposta pela interpretação do Tribunal Superior Eleitoral para as eleições de 2002, provocou intensa polêmica no debate político-institucional brasileiro. A interpretação do TSE sobre as coligações assimétricas criou norma e alterou arbitrariamente as regras, submetendo o jogo eleitoral a um alto grau de incerteza e pondo, sob suspeição, inclusive, as eleições de 2002. Os partidos políticos possuem autonomia organizativa e por isso a interferência da Corte Eleitoral não só feriu as leis partidárias como, sobretudo, a Constituição Federal, no que se refere ao princípio da anualidade, segundo o qual leis eleitorais só podem entrar em vigor um ano após a sua aprovação pelo Congresso Nacional. A argumentação de defesa do caráter nacional dos partidos possui um conteúdo substantivo, ou seja, de fato e não de jure, já que os requisitos legais para o caráter nacional dizem respeito ao cumprimento das exigências da lei no ato de registro da organização partidária. Cumpridas essas exigências estaria, presume-se, observado o caráter nacional. Se as organizações partidárias não possuem algo que vá além do exigido pela lei - mesmo que esse algo seja altamente desejável - não parece ser da atribuição do Tribunal ditar o que seja o caráter nacional para além da dimensão legal e constitucional. Além do que, a combinação de federalismo com sistema multipartidário e eleições simultâneas gera, necessariamente, coligações diversas nos estados. O contexto de crise e de disputas entre os atores políticos provocou a desarticulação da coalizão de sustentação do segundo governo FHC, antecipando o debate sobre a sucessão presidencial de 2002. Os conflitos na base aliada do governo Cardoso tiveram um efeito fragmentador no processo sucessório.