“Na época em que era noviço o Pe. Sante da Trevi, em uma queda ele fizera na cabeça uma grande ferida, que eu fui chamado a medicar. Ali encontrei muitos noviços, o seu mestre, e o Pe. José. Depois de tê-lo medicado, conversamos sobre muitas coisas espirituais, entre outras sobre a Virgem Bem-aventurada, da qual havia uma figura presa à parede do quarto, à altura aproximada de um homem e meio. Súbito, Pe. José deu um grito bem forte e eu o vi elevado nos ares, no gesto de abraçar aquela imagem, com a face voltada para ela. Depois de ter estado naquela atitude pela duração de três ou quatro Credos, assim no ar, sem se apoiar em lugar algum, o padre mestre ordenou-lhe que descesse, por obediência. Tão logo proferidas essas palavras, Pe. José desceu de joelhos sobre a mesinha que estava abaixo daquela figura, a qual estava cheia de frascos de vidro, diversos vasinhos de barro cheios de medicamentos, e sem os ter derrubado, quebrado nem lançado ao chão, o que causou grande espanto, desceu ao solo, dizendo: ‘Oh! Esta minha doença’, esfregando os olhos com as mãos. Tudo isso foi visto por mim, pelo Pe. Sante e por todos os que estavam no quarto, com grande admiração e devoção de todos.” (Alcide Fabiani) O episódio, com os mesmos detalhes, seria testemunhado também pelo Pe. Sante Rossi, “o noviço doente”, no processo apostólico de Assis.
São José de Cupertino não tinha asas como as pombas, mas certamente voava e era simples (Mt 10,16) como elas! Deus o favoreceu de tal forma com o dom da levitação e dos êxtases que acorriam verdadeiras multidões para contemplá-lo. Mas, isso não significa que sua vida não tenha sido também abundante em privações e provações.
Sua fama de santidade espalhou rapidamente como se pode imaginar... suas missas eram abarrotadíssimas, muito embora solicitasse para rezá-las em privado. Durante o período que permaneceu em Cupertino foram mais de 70 levitações documentadas. Com muitos outros dons foi também São José agraciado como o da cura, da ciência e conselho, muito embora tinha pouquíssimo conhecimento das letras, da amabilidade dos animais, da profecia, conhecimento das consciências, multiplicação de alimentos, sobre o clima e intempéries, fazendo chover durante um ano onde a seca e o calor foram fulminantes.
Foi beatificado por Bento XIV em 24 de fevereiro de 1753 e declarado Santo por Clemente XIII em 16 julho de 1767.